Перестроечные годы стали для павильона «Космос» настоящей катастрофой. Ещё в конце 1980-х начала медленно сворачиваться выставка космических аппаратов, причиной демонтажа экспозиций был назван их возраст и ветхое состояние. В 1991-м году в павильоне прошла массовая дискотека, последствиями которой стали разрушения ценнейших экспонатов, а в 1994-м году здесь был открыт люксовый автосалон. Перед его открытием ряд летательных аппаратов было решено подвесить к куполу, но из-за грубейших нарушений экспонаты пришли в негодность.
Окончательно выставка была закрыта в 1998-м году – уцелевшие экспонаты были в срочном порядке вывезены в ремонтные цеха конструкторских бюро, либо на утилизацию. С 2000-го года павильон, как и весь выставочный центр, практически вышел из-под контроля московских властей. Здесь стали проводиться ярмарки, первая из которых была посвящена садово-огородному инвентарю, саженцам и строительным товарам. Позднее торговые площади были выкуплены мелкими предпринимателями.
Павильон «Космос» разделил незавидную судьбу большинства помещений ВВЦ – это был заурядный торговый центр. Его техническое состояние было катастрофично – часть стёкол купола выбита, в зимнее время помещение не отапливалось.